En el año 1963 comienza a funcionar el Seminario Diocesano gracias al impulso de Monseñor Jorge Kemerer. Funcionaba como seminario menor, con la misión de custodiar y desarrollar los gérmenes de la vocación sacerdotal sembrados en los corazones de los muchachos.

El primer rector fue el Padre Francisco Cichanoski, quien dirigió el seminario desde su inauguración hasta 1965. Había sido ordenado sacerdote en 1961, a los 27 años de edad. En el año 1966 llegó al seminario el Padre Joaquín Piña Batllevel, quien asumió el rectorado. Sin embargo, desde 1969 hasta 1979 el seminario tuvo cerradas sus puertas.

El 25 de marzo de 1980 se reiniciaron las actividades con la incorporación de dieciséis jóvenes. Se designó rector al Padre Gabriel Batello. En 1984, fue reemplazado por el Padre Víctor Arenhardt.

En el año 2002 comenzó a funcionar el seminario mayor, con el ingreso de 14 muchachos. Aquí se ofrece a quienes se sienten llamados por el Señor, vivir la experiencia formativa que el mismo Jesucristo brindó a los doce apóstoles. Toda la vida del seminario está intensamente dedicada a la formación humana, espiritual, intelectual, comunitaria y pastoral.

Las primeras ordenaciones del seminario mayor fueron de Alonso Freiberger, Julio Centurión y Gervacio Silva.

Hoy día, el seminario cuenta con 32 seminaristas provenientes de las tres diócesis de nuestra provincia. Es rector el Padre Sebastián Escalante y lo acompaña en la formación el Padre César Benítez Martínez.